Sylvilagus palustris hefneri là động vật phân bố trong môi trường sống mà có những khoảnh đất cao ráo trong đầm lầy toan hoặc đầm lầy nước ngọt nhưng phụ thuộc vào cây thân thảo làm thức ăn, che phủ và làm tổ. Thảm thực vật này bao gồm các loài như cỏ Cladi jamiacense, Sporobolus virginicus và các loài cỏ dại (Spartina spp). Thỏ đầm lầy miền hạ Keys thích những khu vực có nhiều cỏ, những khu vực gần với quần thể thỏ đầm lầy hiện và những khu vực gần những vùng nước lớn. Quần thể phân loài thỏ Sylvilagus palustris hefneri đã bị cô lập trong vùng Key bởi sự gia tăng mực nước biển và nơi sinh sống của con người đến khu vực địa phương này.

Sự cô lập này có thể là nguyên nhân cho sự sinh sống tập trung dồn lấn của những con thỏ đầm lầy miền thượng Keys (Sylvilagus palustris paludicola). Forys và cộng sự đã xác định môi trường sống của Sylvilagus palustris hefneri là 317 ha (780 mẫu Anh) vào năm 1995 với 81 môi trường sống phù hợp với chúng. Năm 1996, Forys đã tinh chỉnh môi trường sống của chúng rộng khoảng 253 ha (630 mẫu Anh). Phạm vi phân bố của chúng có diện tích trung bình 0,32 ha (0,79 mẫu Anh) đã được xác định vào năm 1999. Phạm vi này bao gồm Boca Chica, Saddlebunch, Sugarloaf và các hòn đảo nhỏ gần gần đó. Từ 2001 đến 2005, Faulhaber và cộng sự đã khảo sát môi trường sống được xác định trước để thiết lập phạm vi môi trường sống hiện tại.